농업생명과학연구원은 기존의 농업개발연구소(1967년 설립)를 모체로 농업생명과학대학 내 여러 연구소들을 하나의 기구로 통합하고 새로이 몇몇 연구소들과 센터를 신설하여 효율적인 연구지원 관리체계를 갖춘 종합연구원으로 2001년 9월 1일 설립되었다.